Corregir conflictos entre Prototype, jQuery y Bootstrap

Puede que alguna vez hayais tenido que usar conjuntamente Bootstrap, JQuery y Prototype por requerimientos del front de vuestro proyecto. En mi caso, en la aplicación en la que estoy actualizando la versión de jQuery y Bootstrap, se utilizan unas custom tags llamadas AjaxTags que hacen uso de Prototype.js y Scriptaculous.js para su correcto funcionamiento.

Cuando usamos conjuntamente estas librerías o frameworks, algunos de sus plugins pueden entrar en conflicto y provocar errores que pueden ser basante molestos y difíciles de detectar.