Cuando ejecutamos Tomcat o cualquier servidor web desde IntelliJ, Eclipse... puede que se no se cierre bien y se quede algún puerto a la escucha (como el 1099). 

La forma de cerrar el puerto facilmente es la siguiente:

netstat -aon |find /i "listening" |find "<puerto_a_buscar>"

Si el <puerto_a_buscar> fuese el 1099, la sentencia quedaría así:

netstat -aon |find /i "listening" |find "1099"

Y obtendríamos una salida similar a la siguiente:


El número que aparece más a la derecha, es el identificador del proceso que tendremos que parar para liberar el puerto que hemos buscado (1099). La forma de hacerlo es la siguiente:

Taskkill /F /IM <numero_de_proceso>

 En nuestro caso el número de proceso será el 19460 y la sentencia quedaría así:

Taskkill /F /IM 19460

Una vez ejecutada la sentencia la salida será similar a la siguiente:


Y el puerto quedará liberado para volver a lanzar nuestro servidor web preferido.