Para depurar un plugin desarrollado para Jenkins hay que hacer lo siguiente (en función del IDE utilizado): 
Por descontado, hay que tener maven correctamente configurado.
Con NetBeans
mvnDebug hpi:run
Con Eclipse
Unix:
$ export MAVEN_OPTS="-Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,server=y,address=8000,suspend=n" $ mvn hpi:run
Windows:
set MAVEN_OPTS=-Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,server=y,address=8000,suspend=n
mvn hpi:run
Con el parámetro address=8000 estamos indicando que abrimos el puerto 8000 para depuración. Si por cualquier motivo lo tuviésemos ocupado podremos utilizar cualquier otro que tengamos disponible.
Una vez tengamos jenkins ejecutándose correctamente podremos depurar nuestro plugin como una aplicación java en remoto (en el caso de Eclipse)
Para más información puedes visitar https://wiki.jenkins-ci.org/display/JENKINS/Plugin+tutorial#Plugintutorial-DebuggingaPlugin